Elle contribue, avec les caisses départementales et pluridépartementales, à la mise en oeuvre de la politique sociale agricole définie par le Ministre de l'Agriculture et représente la MSA auprès des tiers, et notamment des Pouvoirs Publics.

Elle est administrée par le Conseil central d’administration dont les membres sont élus pour cinq ans par l’assemblée générale de la MSA.

Principales missions :

• Conduire et de fédérer l’institution Mutualité sociale agricole ;
• Coordonner, conseiller et assister les 49 caisses qui composent son réseau ;
• Assurer des fonctions de gestion spécifiques et, notamment, les répartitions des recettes et les compensations des charges entre les caisses de MSA.

Conduire et fédérer l'institution Mutualité Sociale Agricole :

• Elle représente le régime agricole auprès des pouvoirs publics, c'est une force de proposition pour une politique sociale adaptée aux besoins de la population agricole et plus largement du monde rural.
  
  
• Elle initie et définit les voies de développement de la Mutualité Sociale Agricole en renforçant et en valorisant ses atouts et ses particularités.
  
  
• Elle détermine les relations partenariales à mettre en place pour l'amélioration du service rendu à ses ressortissants et plus largement à la population rurale.

Coordonner, conseiller et assister les caisses de MSA :

• Elle s'assure de la bonne exécution de la mission de service public par les caisses et veille au respect de la convention d'objectifs et de gestion (COG) 2006-2010 signée avec l'Etat le 26 septembre 2006.
  
  
• Elle anime le réseau des caisses départementales ou pluridépartementales et facilite leur mission dans les domaines de la protection sociale, de l'information et de la communication. Elle renforce et développe la prévention santé et l'action sanitaire et sociale.